Триггеры налоговой проверки медицинской организации: как работает ФНС с 2026 года

Врачи привыкли работать с точными диагнозами и доказательными методами лечения. В налоговом контроле с 2026 года происходит нечто похожее: Федеральная налоговая служба (ФНС) переходит от «случайных проверок» к «плановой диспансеризации бизнеса». Что это значит для медицинской организации — в нашей статье.

С 1 января 2026 года вступили в силу два ключевых документа, которые изменили подход ФНС к контролю за бизнесом:

• Федеральный закон от 23 июля 2025 года № 254-ФЗ «О внесении изменения в Закон Российской Федерации "О налоговых органах Российской Федерации"», давший ФНС новые полномочия по оценке деятельности налогоплательщиков;

• Приказ ФНС России от 5 декабря 2025 года № ЕД-7-31/1041@ «Об утверждении методики проведения анализа (оценки) сведений о финансово-хозяйственной деятельности».

Раньше налоговая инспекция работала по принципу «реагирования на нарушения»: инспектор получал декларацию, видел явное расхождение или ошибку и только после этого начинал проверять налогоплательщика.

С 2026 года ФНС перешла на принцип «проактивной оценки». Теперь налоговая служба заранее, до начала любой проверки, анализирует деятельность медицинской организации по множеству показателей и формирует своеобразный «рейтинг благонадежности». Чем ниже этот рейтинг, тем выше вероятность, что вашу организацию выберут для углубленной проверки.

Это похоже на диспансеризацию в медицине: раньше врач ждал, пока пациент придет с жалобами — теперь заранее оценивает риски заболеваний по множеству показателей и приглашает на обследование тех, у кого риски выше.

При этом нужно учитывать: ФНС — самый IT-прогрессивный орган власти в России. Служба оценивает вас в режиме реального времени, используя искусственный интеллект, информацию из разных источников, включая, например, даже вакансии клиники в hh.ru и социальные сети организации и ее работников.

Методика ФНС предусматривает оценку по 55 показателям для юридических лиц и по 31 показателю для индивидуальных предпринимателей.

Каждый критерий оценивается по принципу «соответствует» или «не соответствует». Если показатель соответствует требованиям — балл сохраняется, если не соответствует — балл теряется.

Система оценки ФНС работает в два этапа, и понимание этой структуры важно для руководителя медицинской организации.

Первый этап — обязательные критерии. Налоговая служба проверяет 14 обязательных критериев, которые можно назвать «базовой гигиеной» бизнеса. Если организация не проходит этот этап, дальнейшая оценка не проводится — компания автоматически попадает в зону повышенного риска.

К этим критериям относятся следующие показатели:

• достоверность сведений в Едином государственном реестре юридических лиц — налоговая проверяет, актуальны ли данные об адресе, директоре и участниках организации;
• расхождения по налогу на добавленную стоимость — соответствие данных вашей организации с данными ваших контрагентов;
• наличие недоимки по налогам и сборам — есть ли у организации задолженность перед бюджетом;
• сведения из реестра недобросовестных поставщиков — участвовала ли организация в государственных закупках и были ли проблемы;
• сведения о процедурах банкротства или ликвидации — текущий статус деятельности организации.

Второй этап — балльная оценка. Если первый этап пройден успешно, начинается второй этап, на котором начисляются баллы по всем 55 критериям для юридических лиц. Чем больше баллов набрала организация, тем ниже риск того, что она будет выбрана для налоговой проверки.

На этом этапе медицинским организациям следует обратить внимание на два ключевых критерия:

• Зарплата выше средней по региону. Среднемесячная заработная плата на одного работника за календарный год должна превышать уровень средней заработной платы для соответствующего субъекта РФ с учетом вида экономической деятельности. Для медицины это часто проблема, поскольку сотрудники могут занимать неполные ставки.

• Менее 10% работников получают ниже МРОТ. Число работников, получающих заработную плату ниже минимального размера оплаты труда, должно составлять менее 10% от общего числа работников организации.

Одно из важнейших практических изменений заключается в том, что теперь вы можете через «Личный кабинет» налогоплательщика запросить выписку о своей налоговой репутации.

В личном кабинете юридического лица (подсистема «Как меня видит налоговая») действует «Сервис оценки юридических лиц», в рамках которого компании уже сейчас могут запросить оценку своей финансово-хозяйственной деятельности. Эта выписка стала новым рабочим документом в деловом обороте.

Контрагенты могут запрашивать эту выписку перед заключением договора, чтобы оценить вашу надежность. Банки могут использовать эту выписку при рассмотрении заявок на кредитование. Заказчики в рамках государственных закупок по Федеральному закону № 223-ФЗ могут учитывать эту информацию при допуске к торгам.

Если вы не согласны с оценкой, которая отражена в выписке, у вас есть пять рабочих дней на подачу заявления о корректировке с приложением документов, подтверждающих вашу позицию. ФНС обязана ответить на такое заявление также в течение пяти рабочих дней.

Раньше вашу налоговую декларацию проверяла только та инспекция, к которой прикреплена ваша организация. С 2026 года ФНС получила возможность назначать камеральные проверки любой инспекции из любого региона России.

Это означает, что декларацию московской медицинской клиники может проверять инспектор из Твери или Краснодара. Такая мера направлена на снижение коррупционных рисков и повышение объективности проверок, но для налогоплательщика это означает, что локальные договоренности с местной инспекцией больше не работают.

1. Запросите выписку из сервиса оценки ФНС. Зайдите в «Личный кабинет» налогоплательщика на сайте Федеральной налоговой службы и запросите выписку о вашей организации. Посмотрите, как вашу клинику «видит» налоговая служба. Эта выписка покажет ключевые показатели и отклонения, которые зафиксировала ФНС.

2. Проверьте ваших контрагентов. Используйте сервис «Риски бизнеса: проверь себя и контрагента» на официальном сайте. Особенно внимательно проверьте поставщиков лекарств, медицинского оборудования и услуг. Если ваш контрагент имеет низкий рейтинг, это может негативно повлиять и на вашу оценку.

3. Сверьте уровень заработной платы. Проверьте, соответствует ли заработная плата ваших врачей среднеотраслевым показателям по вашему региону и коду экономической деятельности. Данные о среднеотраслевой заработной плате доступны на сайте Федеральной службы государственной статистики и на сайте ФНС.

4. Проверьте недоимку по единому налоговому счету. Даже временная задолженность более тридцати тысяч рублей фиксируется системой и влияет на ваш рейтинг. Убедитесь, что у вашей организации нет никакой задолженности по налогам и страховым взносам.

5. Проконтролируйте работу аутсорсинговой бухгалтерии. Если у вас бухгалтерия на аутсорсинге, необходимо убедиться, что внешняя бухгалтерская компания выполняет следующие функции:

• сдает всю отчетность в установленные сроки без задержек;
• контролирует расхождения по налогу на добавленную стоимость, если ваша организация является плательщиком этого налога;
• ведет учет первичных документов в полном объеме и хранит их надлежащим образом.

Особое внимание уделите тому, на каком сервере хранится архив, в связи с чем задайтесь вопросом: будете ли вы иметь к нему доступ в случае, если вдруг отношения с бухгалтером испортятся?

6. Проверьте налоговую нагрузку. ФНС сравнивает общую налоговую нагрузку вашей организации со средними показателями по отрасли. Существенное отклонение от отраслевых значений воспринимается как сигнал о возможных схемах уклонения от налогообложения.

Федеральная налоговая служба с 2026 года оценивает не отдельные ошибки налогоплательщика, а модель поведения бизнеса в целом.

Если показатели вашей медицинской организации стабильны и укладываются в отраслевые нормативы, риск налоговых проверок минимальный. Если же есть системные отклонения по нескольким показателям одновременно, налоговая проверка становится вопросом времени.

Для медицинской организации ключевые зоны риска следующие:

• оформление трудовых отношений с врачами — использование самозанятых вместо штатных сотрудников создает существенные риски;
• разделение медицинских и немедицинских услуг — важно правильно классифицировать услуги для применения освобождения от налога на добавленную стоимость;
• зарплатная ведомость — уровень заработной платы должен соответствовать среднеотраслевым показателям по региону;
• контрагенты — поставщики лекарств, оборудования и услуг должны быть проверены на благонадежность.

Новая система оценки ФНС — это не карательный инструмент, а инструмент ранней диагностики. Как врач, вы прекрасно понимаете эту логику. Запросите выписку о вашей медицинской организации, проверьте ключевые показатели и, при необходимости, скорректируйте их до того, как Федеральная налоговая служба задаст вопросы.